Dom João Francisco Salm foi nomeado bispo de Tubarão no dia 26 de setembro de 2012. Foi ordenado bispo, no dia 24 de novembro de 2012, na Catedral de Tubarão, assumindo o lema “Ide para a vinha”. Na mesma celebração, foi lhe dada a Posse Canônica e Dom João Francisco Salm assumiu o pastoreio como 6º Bispo nesta Igreja Particular. Enquanto Bispo de Tubarão, Dom João Francisco acumulou a função de Administrador Apostólico da Diocese de Blumenau, no ano de 2015. Foi presidente da CNBB Sul 4, no período de 2015 a 2019, e teve sempre grande presença na CNBB Nacional. Atualmente é o Presidente da Comissão Episcopal Pastoral para os Ministérios Ordenados e a Vida Consagrada e membro do Conselho Permanente e do Conselho Episcopal Pastoral.
Os bispos que o antecederam, em Tubarão, foram: Dom Anselmo Pietrulla (de 15 de Agosto de 1955 a 03 de outubro de 1981); Dom Osório Bebber (de 04 de outubro de 1981 a 07 de março de 1992); Dom Hilário Moser (de 15 de Agosto de 1993 a 21 de agosto de 2004); Dom Jacinto Bergmann (De 22 de Agosto de 2004 a 1º de julho de 2009); Dom Wilson Tadeu Jönck (e 12 de julho de 2010 a 15 de novembro de 2011). Em tempo de Sé Vacante, a diocese teve como Administradores Diocesanos: Pe. Valdemar Carminati (de 10 de março de 1992 a 14 de agosto de 1993); Pe. Nilo Buss (de 02 de julho de 2009 a 11 de julho de 2010); Pe. Sérgio Jeremias de Souza (de 12 de novembro de 2011 a 23 de novembro de 2012).